為防止交叉感染及積灰，吊頂、墻面、地面的裝飾用材要求耐磨，不起塵、易清洗、耐腐蝕。在潔凈廠房內要求踢腳與地面交界處必須為圓角，為避免意外事故發生，要求陽角也做成圓角（但門洞上口這些地方可例外），墻上做防撞板。外露的木質和石膏材料易吸濕變形、開裂、積灰、長菌、貯菌，所以要求在潔凈廠房內不得使用這些材料。為防止空氣途徑的污染，進入潔凈廠房的門需設置吊掛式自動推拉門，以減少外界氣流干擾，避免地面出現凹槽積污。潔凈廠房門的自動延時關閉裝置安裝、工作正常。潔凈廠房是以空氣凈化為手段，具有一定正壓（或負壓），要求氣密性良好，所以潔凈廠房內所有拼縫必須平整嚴密。為了避免突出與不平而積塵，墻面上的插銷、藥品柜、吊頂上的燈具等均應暗裝，在不同材料的接縫處要求密封。
潔凈廠房對凈化空調系統的要求較為特殊和嚴格，禁止在潔凈廠房內使用普通的風機盤管機組或空調器，避免發霉和滋生細菌，強調整個潔凈廠房內的濕度控制。新風量按規定確定，并取其zui大值。潔凈廠房空調管路應短、直、順，盡量減少管件，采用氣流性能良好、渦流區小的管件和靜壓箱，管路系統不應使用軟管。Ⅰ～Ⅲ級潔凈廠房內集中布置于實驗臺上方的送風口，應使包括實驗臺的一定區域處于潔凈氣流形成的主流區內。所有潔凈廠房，應采用雙側下部回風，不應采用四角或四側回風。采用室內回風，不設余壓閥向走廊回風，本室回風通過本室回風管循環解決。軟接頭材料應為雙層，對防止其表面長霉有一定作用。回風口中設置碳纖維過濾層，以吸收室內回風中的異味，回風口的百葉片應選用豎向可調葉片，以減少橫向葉片上的積塵，如采用對開多葉聯動葉片，不僅可保持定風向，還可起到平衡各回風口的風量作用。與循環空氣接觸的金屬件外表必須有保護層，避免潔凈廠房內所使用的藥品、消毒劑等使金屬表面腐蝕。
潔凈廠房內的給水需要冷熱水兼有，供水要不間斷，水量和水壓要保證，并且水質要可靠。對水質標準要求較高的潔凈廠房，其刷手用水除符合飲用水標準外，還宜安裝除菌過濾器及紫外線等水質消毒滅菌器。給水管道不能直接連接到任何可能引起污染的衛生器具及設備上，除非在這種連接系統中，留有空氣隔斷裝置或設有行之有效的預防回流裝置。潔凈廠房內不應設置地漏，地漏應設置在刷手間及衛生器具旁且必須加密封蓋。檢測實驗過程中污物量較大，為了防止排水管道堵塞，適當加大潔凈廠房排水管道口徑，可減少日常的維修量。
由于工程施工往往出現空調凈化系統的施工與圍護結構的施工不是一個單位承擔的情況，給工程質量造成隱患，特別強調潔凈廠房的施工必須以空調凈化為核心，統一指揮施工。為保證質量，在潔凈部（室）所在的建筑物驗收之后，還應對其單獨驗收。不論施工方有無完整的調試報告，都不能代替綜合性能全面評定。由于潔凈廠房是多功能的綜合整體，空氣潔凈度或細菌濃度單項指標不能反映潔凈廠房可以投入使用的整體性能，又由于竣工驗收主要考查施工質量，綜合性能全面評定主要考查設計質量，因此不能互相代替，并且只有竣工驗收之后才可進行全面評定。