醫藥潔凈室一般選用整體性好、剛性強的水磨石地面。為了避免塵土、細菌積聚、孳生，這種地面須防止開裂和返潮，在施工中可采取夯實回填土，加厚地坪、選用水泥（水泥砂漿基底的水泥標號不得低于425號），適當配筋（對大面積廠房而言）等措施來防止地面開裂；為防止地面返潮，施工中則可采取加厚混凝土層和碎石層，濕度高的地區增加防水層（如一氈二油）等措施。
有防腐要求的地面可采取聚酯砂漿整體地坪，由耐腐蝕的不飽和聚酯為粘合劑，以石英砂或重晶砂威填料混合而成，能耐酸堿，有良好的化學穩定性和耐腐性。
藥廠中常用的是以下幾種地面面層：
（1）塑料地面：光滑、略有彈性、不易起塵、易擦洗清潔、耐磨、耐腐蝕，但易產生靜電，受紫外線照射易老化。因此不宜于經常采用紫外線燈滅菌的場所。一般用于更衣室、包裝間、化驗室等房間。由于塑料板與混凝土基層的伸縮性能不同，不宜用于大面積車間，否則會引起起殼現象。
（2）耐酸瓷板地面：用耐酸膠泥貼砌，能耐腐蝕，但質較脆，經不起沖擊，破碎后則降低耐腐蝕性能。這類地面可用于原料車間中有腐蝕介質的區段，由于施工復雜，造價高，宜用于有腐蝕介質滴漏的局部范圍使用。例如，將有腐蝕介質的設備集中布置，然后將這一部分地面用擋水線圍起來，擋水線內部用此種地面鋪貼。
（3）水磨石地面；整體性好、光滑、不易起塵，可沖洗且防靜電；缺點是無彈性。常用于要求經常擦洗的分裝車間、針片劑車間、實驗室、衛生間、更衣室、潔晶工段等。