1、潔凈廠房設計時應注意的問題： 
（1）平面圖上要劃分潔凈區和輔助區，人員進入潔凈區必需先通過輔助緩沖區。 輔助緩沖區包括更衣室，緩沖間，人流方向應由低潔凈級別區到高潔凈級別區。
（2）為了節約能源，潔凈區在滿足生產的情況下空間不宜過大，高度應盡量降低。 
（3）不同潔凈級別的潔凈室之間結合部應設防塵設施，如氣閘、傳遞窗等。 
（4）潔凈區和非潔凈區的間隔窗戶為雙層密閉窗，門應嚴密。  
2、要使新建的廠房符合 GMP要求，廠房建設過程中的質量控制甚為重要： 
（1）墻面要求平整光滑，不留塵土易于清洗，所以墻面一般用高品質的防水涂料進行涂刷。潔凈級別高的廠房墻面可貼彩鋼板材料，內墻面之間和天花板的交界處應做成圓角。
（2）隔斷材料，一般采用鋁合金材料和聚苯乙烯彩鋼板材料。特別是有潔凈級別的廠房均采用彩鋼板材料。這種材料的優點是重量輕，光亮平整，易清洗，施工簡便，易于生產工藝變更時工房改造。 
（3）對地面材料要求強度高，應耐磨損，光滑平整，易清洗，一般是現制水磨石地面，對于潔凈級別要求高的廠房地面一般采用環氧樹脂地面。地面排水：普通廠房采用普通地漏，有潔凈級別的廠房應采用潔凈地漏，潔凈級別高的廠房地面不設地漏。 
（4）窗戶一般采用鋼窗和鋁合金窗戶，窗戶和墻面交接處應做成斜角，潔凈級別高的窗子應做成固定窗，窗玻璃和墻面應做成同一平面，防止窗沿積塵，且易于清洗。