魚缸中過濾器有過濾砂層和小型循環水過濾泵兩種。
砂層過濾法是利用魚缸底部的砂層培養硝化細菌，通過硝化細菌的生理功能來凈化水質。其優點是水質一旦轉清，就能較長時間地保持水質的穩定。缺點是凈化水質的時間較長。砂層過濾法多見于以展覽觀賞為主的水族館，是一種輔助性的生化過濾法。其制作工藝過程是：在魚缸底部排放塑料管道網，塑料管道每10厘米鋸割一個細縫，魚缸底安裝一個出水口，然后在底部管道網的上面覆蓋兩層紗窗網，再在紗窗網上鋪滿10~20厘米厚的碎石料或珊瑚砂作砂層過濾床。魚缸底部的出水口用管道接一個機械抽水泵，這樣砂層過濾管道網安裝完畢。其原理是：當抽水泵工作時，魚缸內的水通過砂床滲透到底部管道中，并通過底部管道網匯入出水口，抽水泵將魚缸中的水抽出并通過管道重新注入水族箱中，使魚缸內的水形成環流動狀態。
近幾年來市場流行的小型循環過過濾器，適用于單缸魚缸。它是家庭觀賞魚缸中凈化水質的主要設備。它的長度在0.5米左右，可放在魚缸的頂端。過濾箱內底板是帶有網孔的，上面鋪一層海綿，放上活性炭，活性炭上面再鋪一層海棉，組合成水質過濾層。其原理是，循環水過濾泵的進水口是一段塑料管，它直接插入水族箱中，出水口用一段塑料彎管通到過濾箱內，這樣接通電源后，水族箱內的水被不斷地吸到過濾箱內，慢慢滲透，通過活性炭過濾層，并從過濾箱的底板網孔中流出，形成一種循環。流動的過濾水魚缸內的容水量在100~200千克時，一般每天使用6小時，水質就可以由混濁變澄清。若魚缸容水量較大，連續開啟過濾泵。過濾材料海綿一般每周清洗1~2次，活性炭每1~2個月要清洗一次。參照水色的澄清度，要定期清洗過濾材料，防止過濾層中空隙因積聚垃圾太多而影響過濾效果。