1、別手術室空調系統宜獨立設置。所謂別手術室是指千級以上手術室，其原因是別手術室空調送風量大，如同樣面積的手術室，百級手術室的空調風量是十萬級的3.4倍，是萬級的2.25倍。另外別手術室的使用頻率遠低于低級別手術室，這樣無論是一個空調系統負擔多個別手術室，或是一個空調系統負擔一個別手術室和多個低級別手術室，都會使空調系統長時間處于"大馬拉小車"的運行狀態。例如一個空調系統負擔1間百級手術室和2間萬級手術室或4間十萬級手術室，只要別手術室不使用，則系統設計風量至少大于此時所需風量的112%和84%，亦即此時系統所需風量僅為系統設計風量的47%和54.3%，而且此種因手術室使用與否引起的風量變化，不宜采用變頻調速方式進行調節，只能用調節總風閥的方式調節風量以適應系統風量變化，然而此種方式顯然不節能。所以無論從節約能源的角度，或是從使用可*性、靈活性的角度，別手術室都應"按間"獨立設置空調系統，即一個凈化空調系統對應一間手術室。
2、對于低級別手術室，盡管與別手術室相比空調風量小的多，但一個空調系統所負擔的手術室間數也不宜過多，因為醫院手術室的使用情況具備不確定性。愈是高等級醫院，手術室為滿足特殊繁忙情況，設置愈多。手術室多，正常情況下的同時使用系數低，這樣當一個空調系統所負擔的手術室間數較多時，系統常處于"供大于求"的狀態，其運行能耗勢必較高，就象有的醫院所反映的"建的起，用不起"。對于低級別手術室一個空調系統所負擔的手術室不宜多于四至五間。
3、中央清潔大廳、清潔走廊、別手術間的準備區、無菌室等應由一個單獨的空調系統負擔，目的是保證手術室外部空氣環境時時處于"臨戰"狀態，那種將以上部位空調合在低級別手術室空調系統中的做法顯然不合理。因為合在一起的空調系統，或是在手術室停止使用時系統送風能耗過大，或是無法保證手術室外部氣候環境處于受控狀態。