移植病房和潔凈配套附屬用房的空調負荷和潔凈度要求相差較大，各房間用途和使用時間均不盡相同，而且整個建筑物空調容量較大，因此用一個系統(tǒng)來解決是不合理的。為使?jié)崈艨照{系統(tǒng)既能保持室內要求參數，而又經濟合理，就需要將系統(tǒng)分區(qū)。
潔凈空調系統(tǒng)分區(qū)應考慮的主要因素是：溫濕度參數、潔凈度的等級、壓力梯度、使用時間、空調設備的容量、和節(jié)能管理等。
移植病房和配套附屬潔凈用房的潔凈空調系統(tǒng)應分為兩個系統(tǒng)。 骨髓移植病房的潔凈空調系統(tǒng)應采用一對一的獨立空調系統(tǒng)；配套附屬潔凈用房的潔凈空調系統(tǒng)，如護士站、治療準備前室、潔凈區(qū)走廊、無菌物品存放、精密儀器室等應采用共用的一個系統(tǒng)。
移植病房空調系統(tǒng)的方式，主要有兩類：一類是新風處理型，由具有冷、熱處理功能的新風機組和循環(huán)處理機組組成的空調系統(tǒng)；二是新風過濾型，由僅作三級過濾功能的新風機組和空調處理機組組成的空調系統(tǒng)。
1、新風處理型
新風處理型是在新風機組中對新風進行熱濕處理，承擔系統(tǒng)全部新風負荷和部分室內濕負荷，再經過循環(huán)機組處理后，達到室內要求的溫濕狀態(tài)。其優(yōu)點是循環(huán)機組只承擔部分室內冷負荷，處于干工況運行（沒有凝結水的出現）；夏季可以有效避免在循環(huán)機組中因冷熱抵消帶來的能源浪費，可減小循環(huán)機組內冷、熱盤管的容量，但其缺點是冬季新風機組內盤管在0℃以下低溫時容易凍壞，存在安全隱患，所以比較適合冬季溫度較高的南方地區(qū)。