1、組成
空調凈化系統整體機組及其各部件應依據環境要求進行設計。機組主要包括加熱、冷卻、加濕、除濕、過濾等各個功能段，其它組成部件包括排風機、回風機、熱能回收系統等。HVAC系統內部結構不能有脫落物產生，縫隙盡可能小，以防止塵埃聚集。HVAC系統必須容易清潔，能耐受必要的熏蒸和消毒。
2、類型
空調凈化系統可劃分為直流型空調系統和再循環型空調系統。直流型空調系統，即將經過處理的、能滿足空間要求的室外空氣送入室內，然后又將這些空氣全部排出，系統全部使用室外新風。再循環型空調系統，即潔凈室送風由部分經處理的室外新風與部分從潔凈室空間的回風混合而成。由于再循環型空調系統具有初投資和運行費用低的優勢，故在空調系統設計中應盡可能合理采用再循環型空調系統。下列特殊生產區的空氣不能循環使用：
①生產過程散發粉塵的潔凈室(區)，室內空氣如經處理仍不能避免交叉污染時。
②生產中使用有機溶劑，且因氣體積聚可構成爆炸或火災危險的工序。
③病原體操作區；放射性藥品生產區。
④生產過程中產生大量有害物質、異味或揮發性氣體的生產工序。
一種藥品生產區通常可分為若干不同潔凈等級的區域，不同潔凈區域應配備獨立的空氣處理機組。各個空調系統實現物理分隔，以防止產品之間出現交叉污染。獨立空氣處理機組還可用于不同的產品區，或分隔不同的區域，通過嚴格的空氣過濾實現對有害物質的隔離，防止通過風道系統產生交叉污染，如生產區、輔助生產區、倉儲區、行政管理區等應分別設置空氣處理機組。對于運行班次或使用時間不同，對溫濕度控制要求差別較大的生產區域，其空調系統也應分開設置。