驗證通常是由安裝確認（IQ）、運行確認（OQ）、性能確認（PQ）組成的。其中儀器儀表的校準可以歸屬于安裝確認，也可以單獨成為一個組成部分，性能確認是做后的判斷。在生產或工藝驗證中，性能確認是檢驗該工藝過程的結果；在生產環境驗證中，性能確認是對空氣凈化系統是否能達到規定的潔凈度做出判斷，即合格還是不合格，因此性能確認也就是常規意義上或狹義上的“驗證”，也就是說，平時所做的不包括安裝確認及運行確認的驗證實際上就是“性能確認”。在空氣凈化系統驗證中，為了不引起誤解，將性能確認稱為“潔凈度測定”。醫藥工業潔凈室的潔凈度包括懸浮粒子和微生物兩個方面，因此潔凈度的測定主要進行懸浮粒子和微生物的測定。
1、懸浮粒子測定
懸浮粒子的測定可參見國家標準GB/T 16292--2010《醫藥工業潔凈室（區）懸浮粒子的測試方法》（以下簡稱《粒子測試方法》），要點歸納如下：
（1）懸浮粒子的測定方法
主要有顯微鏡法及自動粒子計數法。
①顯微鏡法。顯微鏡法是用抽氣泵抽取潔凈室內的空氣，把在測定用的濾膜表面上捕集到的粒徑中大于5um的粒子用顯微鏡計數的方法。用顯微鏡法測定的直徑為粒子的大直徑。
②自動粒子計數法。自動粒子計數法是把潔凈室中粒徑大于0.5um的粒子，按懸浮狀態連續計數的方法。在自動粒子計數法中規定懸浮粒子的粒徑等于標準粒子光散射量的球的相當直徑。自動粒子計數器為了保持其特性，需定期用聚苯乙烯膠乳進行脈沖校準及流量校準。
（2）懸浮粒子潔凈度監測
懸浮粒子潔凈度監測的采樣點數目及其布置應根據產品的生產及工藝關鍵操作區設置。一般對于高效過濾器裝在末端的空氣凈化系統及層流罩，只需在工作區（離地0.7～1m處）設置測點即可；而高效過濾器裝在空調器內及末端為亞高效過濾器（效率≥95%）的空氣凈化系統，除在工作區設置測點外，還需在每個送風口處（離開風口約0.3m）設置一個測點。
懸浮粒子潔凈度測定的小采樣量和少采樣點數目參見《粒子測試方法》的規定。
（3）懸浮粒子潔凈度級別的結果判定
結果評定參見《粒子測試方法》規定的兩個條件。需要說明的是，《粒子測試方法》的標準未說明是日常監測還是驗證。一般來說，驗證要求應嚴一些，它是根據動、靜比來確定合格標準的。測試狀態有靜態和動態測試兩種。
①靜態測試是在潔凈室（或潔凈區）空氣凈化系統已處于正常運行狀態，工藝設備已安裝，在潔凈室（或潔凈區）內沒有生產人員的情況下進行測試。
②動態測試是在潔凈室（或潔凈區）已處于正常生產狀態下進行測試。
2、微生物測定
微生物測定的目的是確定浮游的生物微粒濃度和生物微粒沉降密度，以此來判斷潔凈室是否達到規定的潔凈度。因此微生物測定有測定浮游菌和測定沉降菌兩種方法。
細菌通常肉眼看不見，可將它們采集或沉降到培養基中培養。細菌培養時，由一個或幾個細菌繁殖而成的一細菌團稱為菌落形成單元數（CFU），也稱菌落數。浮游菌用計數濃度表示（CFU/L或CFU/m3），沉降菌用沉降濃度表示［（CFU/（皿.min）］。
浮游菌與沉降菌的關系存在著以下近似公式：
Ng=NV_sFT
式中，Ng是在F面積上的細菌沉降數，CFU
    N是在空氣中的浮游菌濃度，CFU/cm³
    V_{s是含菌粒子沉降速度，cm/s
    F是沉降面積，}cm^{2
    T是沉降時間，s
（1）浮游菌的測定
浮游菌的測定可以參照國家標準GB/T 16293-2010}《醫藥工業潔凈室（區）浮游菌的測試方法》（以下簡稱《浮游菌測試方法》）。重點歸納如下：
①浮游菌測試是通過收集懸浮在空氣中的生物性微粒，通過專門的培養基，在適應的生長條件下，讓其繁殖到可見的菌落進行計數，從而判定潔凈環境中單位體積空氣中菌落數的多少。
②浮游菌測定需有專門的采樣器、真空抽氣泵等設備，浮游菌采樣器常用撞擊法中的狹縫式采樣器。
③浮游菌采樣器必須要有流量計和定時器，并嚴格按儀器說明書的要求定期進行校驗和操作。
④浮游菌測定的采樣點及數目與懸浮粒子測定相同，即在同懸粒子測定時相同的測定點采樣。
⑤浮游菌潔凈度測定的小采樣量和少采樣點數目參見《浮游菌測試方法》的規定。
⑥浮游菌潔凈度的結果評定參見《浮游菌測試方法》的規定。
（2）沉降菌的測定
沉降菌是用暴露法收集降落在培養皿中的生物性微粒，加以培養繁殖后計數得到的。沉降菌的測定可參見國家標準GB/T 16294-2010《醫藥工業潔凈室和潔凈區中沉降菌的測試方法》（以下簡稱《沉降菌測試方法》）。重點歸納如下：
①沉降菌測定的設備主要是90mm*150mm玻璃培養皿和各種培養基。
②沉降菌測定的培養皿應布置在有代表性的地方和氣流擾動小的地方，其少采樣點數目見下表：

在滿足少測點數的同時，還要滿足少培養皿數，如下表所示。不論面積大小、作為一個被測對象，都應該滿足這個要求。

③采樣方法及培養。將培養皿按要求放置后，打開平皿蓋，使培養基表面暴露30min后，將平皿蓋蓋上，然后在30～35℃的條件下培養48h計數。
④結果計算：M=ΣM_i/n
式中，M為平均菌落數，CFU
      M_{i為1,2,3，}…，n號平皿菌落數
      n為平皿總數
（3）物體表面微生物測試
此測試的目的是確定物體表面微生物污染的程度。一般有棉簽間接取樣后培養和直接接觸法取樣兩種測試方法。
接觸法使用羅達克培養皿，測試方法是將培養皿直接接觸需采樣的物體表面，培養后長出菌落。這個測試技術適用于平整光滑的表面。
這項測試應在去污染程序后進行。但瓊脂培養基留在物體表面上終究是個問題。因此，采樣后應馬上進行去污染。每只培養皿需做好標志，指明采樣點的確切位置。應注意房間里的標志供現在和將來參考。