組合式空氣處理機組(組合式空調器)本身不帶冷熱源，由制冷機房供給冷媒。潔凈空調的空氣處理箱構造和設置與普通空調系統差不多，不同之處是在箱內做了防污染的處理。一般也將空氣處理箱放在負壓段，這是因為考慮到負壓段的氣流比較均勻，有利于空氣進行熱交換，同時也可以避免空氣向外滲漏，尤其是淋水式空調箱更是如此。另外也可利用處于負壓的空調箱兼做回風混合箱，便于一次或二次回風，使系統更為緊湊。但對于潔凈空調系統來說，當系統采用一次回風時，可以將空氣處理箱設置在空氣的出口段(即正壓段)，常見于用表面式換熱器作熱濕處理的系統。有的還采用獨立的回風混合箱來保證回風。

可以根據需要選用不同的功能段，在選擇組合式空氣處理機組各功能段時應注意：
1）根據潔凈空調房間的冷負荷選擇表冷器的排數，在表冷器凝水盤下應接存水彎，以防止外界空氣進入系統。
2）根據潔凈室的級別選擇過濾器類型。一般情況下，粗效空氣過濾器可以滿足一般空調房間的凈化要求；粗效和中效空氣過濾器聯合使用，可以滿足使用中效空氣凈化系統的潔凈室凈化要求；而粗效、中效和空氣過濾器聯合使用則可滿足潔凈室潔凈度要求。空氣過濾器應按額定風量選用，考慮到負壓段易漏氣和便于更換清洗，中效空氣過濾器宜設計在系統的正壓段；對可能產生有害氣體或有害微生物的潔凈室，其空氣過濾器應盡量靠近潔凈室，以防止污染管道或由于管道漏風使未經過濾的污染空氣污染環境，同時阻力、效率接近的空氣過濾器宜安裝在同一潔凈區，以使阻力容易平衡、風量便于分配及室內流場的調整。
3）根據潔凈空調房間的加熱量選擇加熱器的排數。
4）若需要加濕，根據加濕量選擇加濕器的大小。
5）根據系統不利環路的阻力選擇風機型號，不利環路包括送、回風管路的沿程阻力和局部阻力以及各過濾器、表冷器、加熱器的阻力等。